El término municipal de Badarán ya estuvo habitado en el Paleolítico, como lo atestiguan los numerosos restos prehistóricos hallados. Existieron, además, varios asentamientos romanos. El primer documento escrito en el que se cita a Badarán data del siglo X. Se trata de una escritura de donación al Monasterio de San Millán.
Existieron tres aldeas cercanas a Badarán, llamadas: Villagonzalo, Terrero y Villadolquit, que en el siglo XIV, tras la unión de las cuatro, darían lugar al Municipio de Badarán. Durante toda la Edad Media la vida de Badarán estuvo ligada, tanto en lo espiritual como en lo material, al Monasterio de San Millán, sin que faltasen litigios. A finales del siglo XVI se incorporó la jurisdicción del lugar a la corona que, andando los años, compraría el propio Municipio.
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